Bei den Hauptcharakteren gibt es in der dritten Staffel Änderungen, unter anderem arbeitet Captain Becker als Schutz für das Team. Der Hauptcharakter Nick Cutter verstirbt zudem und scheidet somit aus der Serie aus. Dafür kommt der Polizist Danny Quinn als Cutters Ersatz dazu. Außerdem schließt sich die Ägyptologin Sarah Page dem Team an. Die Beziehung zwischen Abby und Connor wird weiter ausgearbeitet und Cutter macht eine beachtliche Entdeckung. Das Team findet heraus, dass es bereits in der Vergangenheit einige Anomalien gab. So entpuppt sich eine ägyptische Gottheit in Wirklichkeit als Pristichampsus, ein prähistorisches Reptil aus dem Eozän.

Des Weiteren fand ein Online-Wettbewerb statt, bei dem Fans ein eigenes Monster entwerfen konnten. Der Entwurf des Siegers sollte dann in der Serie zum Leben erweckt werden.^[3] Sieger ist eine von fleischfressenden Käfern abstammende, insektenartige und menschengroße Kreatur geworden, welche eines der Raubtiere aus der Zukunft darstellen wird. Diese Kreatur wird in der achten Folge der Staffel ihren Auftritt haben.^[4] Weiterhin widmet sich die dritte Staffel stärker den Anomalien an sich, wodurch Anomalien entstehen und wieso Cutter in die andere Zeitlinie geraten konnte, in welcher es Claudia nicht mehr gab. Des Weiteren ist Helen wieder in üble Machenschaften verwickelt und versucht sogar das Anomaly Research Center zu erobern. Auch die Angestellte des Innenministeriums Christine Johnson arbeitet gegen das Team.

In der ersten Folge muss es das Team mit einem Pristichampsus aufnehmen und Conner stellt fest, dass die Anomalien durch Magnetfelder und elektrische Energie beeinflusst werden. Das Tier gelangt wieder in seine Zeit und die Ägyptologin Dr. Sarah Page tritt dem Team bei. Außerdem versucht Christin Johnson eine Art Artefakt zu stehlen, ihre Soldaten werden in der Zukunft jedoch dabei von Predatoren getötet. Am Ende der Folge schlägt Helen ihr Lager in einem Gebäude in Großbritannien auf und denkt an den Kampf von Christines Soldaten gegen die Predatoren und wie sie das Artefakt gestohlen hat.

In der zweiten Folge entwickelt Cutter ein Modell von den Anomalien, mit dem er diese vorhersagen kann und tatsächlich funktioniert es, als Connor, Abby und Jenny in einem verlassenen Haus eine Anomalie finden, aus der ein Camo, ein Raubtier aus der Zukunft gekommen ist. Vor Jahren sind dort zwei Kinder verschwunden und nicht mehr aufgetaucht, unter anderem auch Danny Quinns Bruder, der nicht mehr locker lässt.

In der dritten Folge erscheint in einem Krankenhaus eine Anomalie und es gelangen ungefährliche Diictodons in die Gegenwart. Währenddessen übernimmt Helen das ARC und lässt ihren neuen Nick-Cutter-Klon eine Bombe zünden. Als Cutter Helen retten will, versteckt er das Artefakt, das Helen bei sich hatte, und wird von ihr erschossen, weil sie dachte, dass mit Nicks Verschwinden auch die Predatoren verschwinden würden.

In der vierten Folge holt Abby ihren kleineren Bruder Jack vom Bahnhof ab, wobei Connor denkt, sie hätte einen Freund. Es gelangt ein Giganotosaurus auf einen Flugplatz. Connor schafft es, die Anomalie so zu verändern, dass sie noch da ist, aber nichts mehr hindurchlässt. Bei dem Versuch, die Geschichte über die Urzeitmonster publik zu machen, sterben Mick Harper und seine Vorgesetzte. Danny lockt den „G-Rex“ mit einem Helikopter zurück durch die Anomalie.

In der fünften Folge gelangen Sporen aus einer Anomalie in eine Londoner Wohnung und infizieren zwei Menschen, die sich in gefährliche Pilz-Monster verwandeln. Jenny wird dabei auch angesteckt, doch das Team schafft es durch Kälte den Pilz zu besiegen. Daraufhin verlässt Jenny das Team und Danny wird der neue Teamleiter.

In der sechsten Folge besetzt Christine Johnson das ARC, um das Artefakt, welches Anomalien vorhersagt, zu bekommen. Das Team kann entkommen, wird aber im neuen Versteck von Terrorvögeln angegriffen. Danny, Sarah, Abby und Connor können entkommen, werden aber im neuen Versteck von Terrorvögeln angegriffen. Das Team kann das ARC durch einen Trick von Becker und Lester zurückerobern.

In der siebten Folge gelangt ein Dracorex - ein drachenähnlicher Dinosaurier - auf einen Schrottplatz. Er wird von einem Ritter verfolgt, der sich in der Hölle glaubt. Sarah geht durch die Anomalie ins Mittelalter, während Danny sich mit dem verrückten Ritter herumschlägt. Am Ende gelangt der Ritter wieder in seine Zeit und der Dracorex wird von Abby versorgt.

In der achten Folge gerät Abbys Bruder Jack versehentlich in die Zukunft. Das Team muss bei seiner Ankunft in der Zukunft feststellen, dass die Predatoren die Menschheit ausgerottet haben. Das Team rettet Jack, muss sich dabei jedoch gegen die Predatoren und riesige Zukunftsinsekten wehren.

In der neunten Folge befreit Danny eine junge Frau namens Eve, welche bereits in der achten Folge von Captain Wilder aus der Zukunft gebracht wurde, aus Christine Johnsons Fängen. Währenddessen rast eine prähistorische Nashornherde auf einen Campingplatz zu. Eve öffnet in letzter Sekunde eine Anomalie. Im ARC erscheint Christine und verlangt nach Eve, welche sich als Helen entpuppt. Sie schafft es mit dem Artefakt und Christine zu entkommen. Sie geht mit ihr durch eine Zukunftsanomalie, wobei Christine von Predatoren getötet wird.

Im Staffelfinale folgen Danny, Connor und Abby Helen durch eine Anomalie in die Zukunft. Dort überträgt sie die Informationen über das Artefakt auf eines der Handgeräte. Sie flieht in die Vergangenheit. Connor programmiert ein zweites Gerät und sie folgen Helen in die Kreidezeit. Dort werden sie von Raptoren angegriffen. Conners Gerät gibt den Geist auf. Helen verliert ihr Gerät kurz nachdem sie die nächste Anomalie öffnet. Danny folgt ihr. Helen geht zum Ort AL333, dem Ort, an dem die erste Familie der ersten Menschen gefunden wurde. 13 Individuen, die aus unbekannten Gründen gleichzeitig starben. Helen tötet die zwölf Menschen an dem Ort. Ein Raptor, der zufällig durch die Anomalie mitkam, tötet Helen, indem er sie von einem Felsen stürzt, womit ihr Plan, die Menschheit zu vernichten, vereitelt wurde, da noch weitere Menschen übrig sind. Helens Leiche bildet das dreizehnte Individuum. Die Anomalie schließt sich und Danny bleibt alleine zurück. Der durch einen Sturz von einem Baum verletzte Connor und Abby befinden sich noch in der Kreidezeit, wo Helen ihr Anomaliegerät verloren hatte. In der Gegenwart ist Becker ratlos, Sarah hat jedoch eine Idee.